苏州绿叶爱生活植物小分子洗衣液并不能保护衣物的防水性。因为该产品主要是通过渗透作用去除深层污垢和异味，对衣物本身的材质和特性没有改变或保护作用。

如果需要保护衣物的防水性，可以考虑使用专门的防水洗涤剂或者定期对衣物进行防水处理。洗涤时，建议遵循衣物洗涤标签上的指导建议，并在洗涤过程中加入适量的防水剂或添加适当的洗衣球等产品来增强防水效果。在平时的穿着和保管过程中，也要避免与尖锐的物品、粘着性强的物质以及高温高湿环境接触，以避免破坏衣物的防水性能。

综上所述，苏州绿叶爱生活植物小分子洗衣液并不能保护衣物的防水性。如果需要保护衣物的防水性，建议选择专门的防水洗涤剂或者进行定期的防水处理。