基因测序是现代生命科学的一项关键技术，可以深入了解生物体内遗传信息的组成和功能。在犬科动物中，哈士奇被广泛运用于家庭宠物、运动员、导盲犬等方面，因此对于哈士奇的基因测序研究具有重要意义。本文将介绍哈士奇基因测序的方法与流程，深入探究其基因构成与特点。

一：哈士奇论文基因测序怎么做

针对目标性状，选择 表型极端差异的亲本 构建家系，对该家系 目标性状表型极端的子代 分别混合得到的两个样本池进行全基因组重测序，检测到的两池间DNA差异片段即为候选区域，可进一步定位到目标性状相关的基因或标记。利用该方法，可以快速的对单一性状进行精细定位，加速目标性状的功能基因组研究进程。

对，BSA最主要的要求就是研究的这个性状在亲本和子代中一定是极端差异，这样结果才能更准确。

样本要求：2个亲本+2个子代池（每个子代池≥20个样本）（200mg组织够提DNA即可）

文库类型：WGS文库（有参）

测序数据量：亲本10x/个，子代池≥20x/池（若子代池混样30个，就测30x）

子代池选择：家系群体（F2，RILS，BC，DH等）

1）参考基因组：参考基因组组装质量好坏以及注释是否完全对BSA结果有一定的影响。建议尽量选择组装至染色体水平，且基因组注释较完全的参考基因组。

2）分离群体：理论上任何一对具有相对性状的亲本杂交后产生的分离后代都适用于集群分离分析法。但常用的分离群体为：F2代群体、回交群体、重组自交系、双单倍体群体。

3）亲本选择：亲本间目标性状要求差异显著，尽量选用 *** 高的亲本，并进一步通过自交进行纯化；并且，除了关注的1个目标性状外，其他性状尽量一致，无其他性状发生分离。

4）混池个体数：混池的样本数通常选取极端性状（群体总样本数的5～10%内）的个体进行混池。混池中若极端性状个体数太少，可能造成样品数不够，不具备代表性；若样本数过高可能会引入杂合个体，产生干扰。

5）表型统计：表型统计不准确，或表型由多个微效基因控制，可能会引起定位效果不佳。

1、群体完整度对定位效果的影响？

下表参考链接中有经验统计。2 亲本+2 子代池是更优选择，次之为⼀个亲本+2 个子代池；再次为 2 个亲本+1 个子代池； 1 个亲本+1 个子代池；最次为只有子代池，如果只有亲本，那么建议⽼师去做变异检测。若是 mutmap （突变体与野生型杂交），则可提供1个野生型亲本+1个突变型子代池，或者两个子代池。不同群体的index算法原理上稍有不同。

2、如果该物种没有参考基因组怎么办？或者如果样品是两个品种的杂交后代，⽽两个品种都有参考基因组，该选择哪个参考基因组？

如果该物种没有参考基因组，⽽近缘物种有参考基因组，可以选择近缘物种的参考基因组进⾏⽐对分析。如果两个品种都有参考基因组，则要根据样品的表型和其他数据选择⼀个与样品差异较⼩的品种作为参考基因组。

3、如何构建混池？混池规模多⼤能够满⾜要求？

通过表型调查，筛选具有极端表型的个体构建两个混池，质量性状（1： 2： 1） 具有主效位点的数量性状（正态分布）。表型统计不准确，或由多个微效基因控制，会影响定位效果。混池个体性状不极端，存在较多中间型，同样会导致定位结果不佳。⼀般选择群体的 5%到 10%个体构建极端混池，建议极端样品在 30+30 以上。通常在样本量等情况允许的条件下越⼤越好，能够更进⼀步的缩⼩候选区域。具体需根据物种、样本情况等设计方案。

4、简化基因组测序适合做 BSA 性状定位吗？

针对微效多基因控制的数量性状，与⽬标性状相关的位点很多，简化基因组或许有幸捕获到少数位点，但绝⼤部分会被遗漏，这对后续的研究很不利。针对质量性状或由少数主效基因控制的数量性状，简化基因组 BSA 的⽅法风险更⾼。诺⽲致源不做简化基因组的 BSA性状定位。

5、能否保证定位到的候选区域的⼤⼩和候选基因的个数？

候选区域的⼤⼩和候选基因个数的多少，与群体的⼤⼩、亲本材料差异的⼤⼩、⽬标性状特点、测序深度的多少、分析物种的基因组⽔平等多项因素相关，因此不能给出统⼀的标准，但可以参考已完成的项⽬经验进⾏估计。

6、BSA 能否检测 SV、 CNV？

不建议⽤ BSA 的结果检测 SV、 CNV，第⼀、测序深度不够；第⼆、 BSA ⼦代是混池样本，混池样本做⼤结构变异检测误差较⼤，且没有分析意义； 想做⼤结构变异检测，建议⽤新技术做， Bionano、三代、 10X Genomics 或者测 30X ⼆代做分析。

该方法参考于2019年7月发表在《自然-通讯》（ Nature Communications ）杂志上发表了题为 Dissecting a heterotic gene through GradedPool-Seq mapping informs a rice-improvement strategy  的研究论文。

文中将F2群体不同表型均进行了混池测序，100-150个个体/池，个体平均测序深度0.5x，测序数据比对，变异检测，SNP标记筛选，统计检验-背景降噪-定位。这个降噪后分析结果看上去要比SNP-index的结果简单很多，精度也会高。如果样本足够，经费阔绰，建议可以用这个分析方法尝试一下。

参考学习：

1、 BSA你真得懂了吗? 

2、 BSA的原理

3、 GPS的论文 报道

二：哈士奇 基因

基因决定，哈士奇狗狗的耳朵是竖起来的，看起来很精神。它的耳朵一般在8-10周时就会站立起来，一少部分的也会在八个月之前竖立起来，如果在这之前还没有竖立起来的话，那就是永远不会立起来，也就是软耳。

三：哈士奇的基因到底有多大

狗，是人类更好的朋友。无论是作为家庭成员，亦或是工作伙伴，狗在全世界人类生活中都扮演着重要的角色。许多考古迹象也表明，早在人类刀耕火种的古老年代里，狗就已经被驯化。然而，狗从哪里来，不同种类狗的起源仍然是一个未解的谜题。

哈士奇，是西伯利亚雪橇犬的别称，在我们现代人的印象里，是一种酷爱拆家、蠢萌傻楞的狗狗，因此也常常被人戏称为“二哈”，但值得一提的是，哈士奇以其卓著的耐力和坚韧不拔的精神成为了世界上最杰出的三大雪橇犬之一，与爱斯基摩犬、格陵兰犬齐名。

雪橇犬不仅为在极地生活的人类提供了极大的交通便利，还在人类探索极地的活动中发挥了重要作用。那么，哈士奇等雪橇犬的 *** 又起源于何方？

近日，丹麦哥本哈根大学健康与医学学院的研究人员在国际顶尖学术期刊Science杂志上发表了题为：Arctic-adapted dogs emerged at the Pleistocene-Holocene transition 的研究论文，该论文还被选为当期封面论文。

这项研究表明雪橇犬的起源要比我们想象中要久远，适应北极环境的时间也比我们之前认为的要早得多。此外，研究人员还发现，现代雪橇犬的祖先已经和人类一起工作生活了9500多年。

尽管经过了几十年的研究，但对于狗是在何时何地被首次驯养并成为人类最亲密的伙伴之一，人们仍未达成共识。在西伯利亚地区，旧石器时代晚期的早期人类遗迹显示雪橇犬在当时已然存在，这也促使科学界去探索雪橇犬的起源和发展。

在此项研究中，研究人员从西伯利亚的佐霍夫岛(Zhokhov Island)上发掘到的一只9500年前的狗身上提取DNA，并生成基因组(“Zhokhov”, 9.6x coverage)。值得注意的是，这只来自9500年前Zhokhov犬被认为是最早的家养犬之一。

研究人员进一步对33000年前的西伯利亚狼和10只现代格陵兰雪橇犬进行了基因组测序。紧接着，研究小组将这些基因组与来自世界各地的狗和狼的基因组进行比较后发现，现代雪橇犬——如哈士奇、阿拉斯加和格陵兰犬的大部分基因组与Zhokhov犬重叠。

这意味着现代雪橇犬和Zhokhov犬在9500年前的西伯利亚有着共同的起源，并且在很早之前就已经分化成各种雪橇犬。更有趣的是，在这之前，我们一直认为雪橇犬只有2-3千年的历史，这一发现颠覆了之前对于雪橇犬历史的认知。

研究人员还发现：与Zhokhov犬相比，现代雪橇犬与其他种类的犬有更多的基因重叠，但具体的分化事件仍有待进一步研究。然而，在现代雪橇犬中，格陵兰犬脱颖而出——其基因组与其他种类的狗重叠最少，这意味着格陵兰犬可能是世界上最古老的雪橇犬。

文章的主要

除此之外，此项研究还发现了雪橇犬与其他狗之间的差异，即雪橇犬不像其他狗那样，对富含糖和淀粉的食物有相同的适应性基因，反而对高脂肪饮食（北极地区饮食更偏向高脂肪）更为适应，其机制与北极熊和爱斯基摩人十分相似。

总而言之，哥本哈根大学的研究人员将9500年前的Zhokhov犬与现代雪橇犬的基因组进行比较发现：雪橇犬起源时间远比我们之前认为的更早，并且经过长期的演化，雪橇犬已经极为适应极地环境。

论文链接：

https://science.sciencemag.org/content/368/6498/1495

四：哈士奇毛色基因

没有“比较纯正”的说法 狗只分为 【纯种】和【杂】 只是品相有好坏 品质有高低 价格根据品质和 *** 也不一样

还有面相啊 骨骼啊 体形啊 被毛啊

从黑到纯白、棕到红的所有颜色都可以接受。头部有一些其他色斑是常见的，包括许多其他品种未发现的图案。”（AKC标准）